- Người khai hải quan khai các thông tin nhập khẩu bằng nghiệp vụ IDA trước khi đăng ký tờ khai nhập khẩu. Khi đã khai đầy đủ các chỉ tiêu trên màn hình IDA (133 chỉ tiêu), người khai hải quan gửi đến hệ thống VNACCS, hệ thống sẽ tự động cấp số, tự động xuất ra các chỉ tiêu liên quan đến thuế suất, tên tương ứng với các mã nhập vào (ví dụ: tên nước nhập khẩu tương ứng với mã nước, tên đơn vị nhập khẩu tương ứng với mã số doanh nghiệp…), tự động tính toán các chỉ tiêu liên quan đến trị giá, thuế… và phản hồi lại cho người khai hải quan tại màn hình đăng ký tờ khai - IDC.

- Khi hệ thống cấp số thì bản khai thông tin nhập khẩu IDA được lưu trên hệ thống VNACCS.

2. Đăng ký tờ khai nhập khẩu (IDC):

- Khi nhận được màn hình đăng ký tờ khai (IDC) do hệ thống phản hồi, người khai hải quan kiểm tra các thông tin đã khai báo, các thông tin do hệ thống tự động xuất ra, tính toán. Nếu khẳng định các thông tin là chính xác thì gửi đến hệ thống để đăng ký tờ khai.

- Trường hợp sau khi kiểm tra, người khai hải quan phát hiện có những thông tin khai báo không chính xác, cần sửa đổi thì phải sử dụng nghiệp vụ IDB gọi lại màn hình khai thông tin nhập khẩu (IDA) để sửa các thông tin cần thiết và thực hiện các công việc như đã hướng dẫn ở trên.

Trước khi cho phép đăng ký tờ khai, hệ thống sẽ tự động kiểm tra Danh sách doanh nghiệp không đủ điều kiện đăng ký tờ khai (doanh nghiệp có nợ quá hạn quá 90 ngày, doanh nghiệp tạm dừng hoạt động, giải thể, phá sản…). Nếu doanh nghiệp thuộc danh sách nêu trên thì không được đăng ký tờ khai và hệ thống sẽ phản hồi lại cho người khai hải quan biết.

4.1 Đối với các tờ khai luồng xanh: 

- Trường hợp số thuế phải nộp bằng 0: Hệ thống tự động cấp phép thông quan (trong thời gian dự kiến 03 giây) và xuất ra cho người khai “Quyết định thông quan hàng hóa nhập khẩu”.

- Trường hợp số thuế phải nộp khác 0:

+ Trường hợp đã khai báo nộp thuế bằng hạn mức hoặc thực hiện bảo lãnh (chung, riêng): Hệ thống tự động kiểm tra các chỉ tiêu khai báo liên quan đến hạn mức, bảo lãnh, nếu số tiền hạn mức hoặc bảo lãnh lớn hơn hoặc bằng số thuế phải nộp, hệ thống sẽ xuất ra cho người khai “chứng từ ghi số thuế phải thu” và “Quyết định thông quan hàng hóa nhập khẩu”. Nếu số tiền hạn mức hoặc bảo lãnh nhỏ hơn số thuế phải nộp, hệ thống sẽ báo lỗi.

+ Trường hợp khai báo nộp thuế ngay (chuyển khoản, nộp tiền mặt tại cơ quan hải quan....): Hệ thống xuất ra cho người khai “Chứng từ ghi số thuế phải thu”. Khi người khai hải quan đã thực hiện nộp thuế, phí, lệ phí và hệ thống VNACCS đã nhận thông tin về việc nộp thuế, phí, lệ phí thì hệ thống xuất ra “Quyết định thông quan hàng hóa”.

- Cuối ngày hệ thống VNACCS tập hợp toàn bộ tờ khai luồng xanh  đã được thông quan chuyển sang hệ thống VCIS.

a.1 Thực hiện kiểm tra, xử lý tờ khai trên màn hình của hệ thống VCIS:

- Lãnh đạo: Ghi nhận các ý kiến chỉ đạo công chức được phân công về việc kiểm tra, xử lý đối với tờ khai vào ô tương ứng trên “Màn hình kiểm tra tờ khai”;

- Công chức được phân công xử lý tờ khai: Ghi nhận các ý kiến đề xuất, các nội dung cần xin ý kiến lãnh đạo, kết quả kiểm tra, xử lý tờ khai vào ô tương ứng trên “Màn hình kiểm tra tờ khai”

- Nếu Lãnh đạo, công chức không ghi nhận các nội dung trên, hệ thống không cho phép thực hiện nghiệp vụ CEA

- Thông báo cho người khai hải quan về địa điểm, hình thức, mức độ kiểm tra thực tế hàng hoá (đối với hàng hoá thuộc luồng đỏ);

- Chuyển luồng từ luồng đỏ sang luồng vàng, hoặc từ luồng vàng sang luồng đỏ (theo quy định của quy trình nghiệp vụ liên quan).

- Nhập hoàn thành kiểm tra hồ sơ đối với luồng vàng;

- Nhập hoàn thành kiểm tra hồ sơ và thực tế hàng hoá đối với luồng đỏ.

- Nhận phản hồi của hệ thống về kết quả phân luồng, địa điểm, hình thức, mức độ kiểm tra thực tế hàng hoá; 

-  Nộp hồ sơ giấy để cơ quan hải quan kiểm tra chi tiết hồ sơ; chuẩn bị các điều kiện để kiểm  thực tế hàng hoá;

- Thực hiện đầy đủ các nghĩa vụ về thuế, phí, lệ phí (nếu có).

(1) Xuất ra cho người khai “Tờ khai hải quan” (có nêu rõ kết quả phân luồng tại chỉ tiêu: Mã phân loại kiểm tra)

(2) Xuất ra Thông báo yêu cầu kiểm tra thực tế hàng hóa đối với hàng hóa được phân vào luồng đỏ hoặc khi cơ quan hải quan sử dụng nghiệp vụ CKO để chuyển luồng.

(3) Ngay sau khi cơ quan hải quan thực hiện xong nghiệp vụ CEA hệ thống tự động thực hiện các công việc sau:

- Trường hợp số thuế phải nộp bằng 0: Hệ thống tự động cấp phép thông quan và xuất ra cho người khai “Quyết định thông quan hàng hóa”.

- Trường hợp số thuế phải nộp khác 0:

· Trường hợp đã khai báo nộp thuế bằng hạn mức hoặc thực hiện bảo lãnh (chung, riêng): Hệ thống tự động kiểm tra các chỉ tiêu khai báo liên quan đến hạn mức, bảo lãnh, nếu số tiền hạn mức hoặc bảo lãnh lớn hơn hoặc bằng số thuế phải nộp, hệ thống sẽ xuất ra cho người khai “chứng từ ghi số thuế phải thu” và “Quyết định thông quan hàng hóa”. Nếu số tiền hạn mức hoặc bảo lãnh nhỏ hơn số thuế phải nộp, hệ thống sẽ báo lỗi.

· Trường hợp khai báo nộp thuế ngay (chuyển khoản, nộp tiền mặt tại cơ quan hải quan....): Hệ thống xuất ra cho người khai “chứng từ ghi số thuế phải thu. Khi người khai hải quan đã thực hiện nộp thuế, phí, lệ phí và hệ thống VNACCS đã nhận thông tin về việc nộp thuế phí, lệ phí thì hệ thống xuất ra “Quyết định thông quan hàng hóa”.

 5. Khai sửa đổi, bổ sung trong thông quan:

(1) Hệ thống cho phép khai sửa đổi, bổ sung trong thông quan từ sau khi đăng ký tờ khai đến trước khi thông quan hàng hoá. Để thực hiện khai bổ sung trong thông quan, người khai hải quan sử dụng nghiệp vụ IDD gọi ra màn hình khai thông tin sửa đổi bổ sung được hiển thị toàn bộ thông tin tờ khai nhập khẩu (IDA) trong trường hợp khai sửa đổi, bổ sung lần đầu, hoặc hiển thị thông tin khai nhập khẩu sửa đổi cập nhật nhất (IDA01) trong trường hợp khai sửa đổi, bổ sung từ lần thứ 2 trở đi.

(2) Khi đã khai báo xong tại nghiệp vụ IDA01, người khai hải quan gửi đến hệ thống VNACCS, hệ thống sẽ cấp số cho tờ khai sửa đổi và phản hồi lại các thông tin tờ khai sửa đổi tại màn hình IDE, khi người khai hải quan ấn nút “gửi” tại màn hình này thì hoàn tất việc đăng ký tờ khai sửa đổi, bổ sung.

(3) Số tờ khai sửa đổi là kí tự cuối cùng của ô số tờ khai, số lần khai báo sửa đổi, bổ sung trong thông quan tối đa là 9 lần tương ứng với ký tự cuối cùng của số tờ khai từ 1 đến 9; trường hợp không khai bổ sung trong thông quan thì ký tự cuối cùng của số tờ khai là 0.

(4) Khi người khai hải quan khai sửa đổi, bổ sung tờ khai, thì tờ khai sửa đổi, bổ sung chỉ có thể được phân luồng vàng hoặc luồng đỏ (không phân luồng xanh).

(5) Các chỉ tiêu trên màn hình khai sửa đổi, bổ sung (IDA01) giống các chỉ tiêu trên màn hình khai thông tin nhập khẩu (IDA). Khác nhau là một số chỉ tiêu (sẽ nêu cụ thể tại phần hướng dẫn nghiệp vụ IDA01) không nhập được tại IDA01 do không được sửa đổi hoặc không thuộc đối tượng sửa đổi.

(1) Mỗi tờ khai được khai tối đa 50 mặt hàng, trường hợp một lô hàng có trên 50 mặt hàng, người khai hải quan sẽ phải thực hiện khai báo trên nhiều tờ khai, các tờ khai của cùng một lô hàng được liên kết với nhau dựa trên số nhánh của tờ khai.

(2) Trị giá tính thuế:

- Khai báo trị giá: Ghép các chỉ tiêu của tờ khai trị giá theo phương pháp 1 vào tờ khai nhập khẩu; Đối các phương pháp khác, chỉ ghép một số chỉ tiêu kết quả vào tờ khai nhập khẩu, việc tính toán cụ thể trị giá theo từng phương pháp phải thực hiện trên tờ khai trị giá riêng.

- Tự động tính toán: Đối với các lô hàng đủ điều kiện áp dụng phương pháp trị giá giao dịch, người khai hải quan khai báo Tổng trị giá hoá đơn, tổng hệ số phân bổ trị giá, trị giá hoá đơn của từng dòng hàng, các khoản điều chỉnh, hệ số phân bổ các khoản điều chỉnh, trên cơ sở đó, hệ thống sẽ tự động  phân bổ các khoản điều chỉnh và tự động tính trị giá tính thuế cho từng dòng hàng.

- Không tự động tính toán: Đối với các lô hàng đủ điều kiện áp dụng phương pháp trị giá giao dịch nhưng ngoài I và F còn có trên 5 khoản điều chỉnh khác hoặc việc phân bổ các khoản điều chỉnh không theo tỷ lệ trị giá thì hệ thống không tự động phân bổ, tính toán trị giá tính thuế; Đối với các trường hợp này, người khai hải quan khai báo, tính toán trị giá tính thuế của từng dòng hàng tại tờ khai trị giá riêng, sau đó điền kết quả vào ô “trị giá tính thuế” của từng dòng hàng.

(3) Tỷ giá tính thuế:

Khi người khai hải quan thực hiện nghiệp vụ khai thông tin nhập khẩu IDA, hệ thống sẽ áp dụng tỷ giá tại ngày thực hiện nghiệp vụ này để tự động tính thuế:

- Trường hợp người khai hải quan thực hiện nghiệp vụ khai thông tin nhập khẩu IDA và đăng ký tờ khai IDC trong cùng một ngày hoặc trong 02 ngày có tỷ giá giống nhau thì hệ thống tự động giữ nguyên tỷ giá tính thuế;

- Trường hợp người khai hải quan thực hiện nghiệp vụ đăng ký tờ khai  IDC (được tính là thời điểm người khai hải quan ấn nút “Gửi” tại màn hình IDC) tại ngày có tỷ giá khác với tỷ giá tại ngày khai thông tin nhập khẩu IDA thì hệ thống sẽ báo lỗi. Khi đó, người khai hải quan dùng nghiệp vụ IDB gọi bản IDA để khai báo lại - thực chất là chỉ cần gọi IDA và gửi luôn hệ thống sẽ tự động cập nhật lại tỷ giá theo ngày đăng ký tờ khai.

(4) Thuế suất:

- Khi người khai hải quan thực hiện nghiệp vụ khai thông tin nhập khẩu IDA, hệ thống sẽ lấy thuế suất tại ngày dự kiến khai báo IDC để tự động điền vào ô thuế suất.

- Trường hợp thuế suất tại ngày IDC dự kiến khác thuế suất tại ngày IDC, thì khi người khai hải quan thực hiện nghiệp vụ đăng ký tờ khai IDC hệ thống sẽ báo lỗi, khi đó, người khai hải quan dùng nghiệp vụ IDB gọi bản IDA để khai báo lại - thực chất là chỉ cần gọi IDA và gửi luôn, hệ thống tự động cập nhật lại thuế suất theo ngày đăng ký tờ khai IDC.

- Trường hợp người khai hải quan nhập mức thuế suất thủ công thì hệ thống xuất ra chữ “M” bên cạnh ô thuế suất.

- Việc xác định hàng hóa thuộc đối tượng được miễn thuế XK không căn cứ vào Bảng mã miễn/giảm/không chịu thuế, mà phải thực hiện theo các văn bản quy định, hướng dẫn liên quan.

- Chỉ sau khi đã xác định được hàng hóa thuộc đối tượng được miễn thuế XK mới áp mã dùng trong VNACCS theo Bảng mã miễn/giảm/không chịu thuế.

- Nhập mã miễn/giảm/không chịu thuế vào chỉ tiêu tương ứng trên màn hình đăng ký khai báo nhập khẩu (IDA).

- Trường hợp hàng hóa thuộc đối tượng miễn thuế nhập khẩu thuộc diện phải đăng ký DMMT trên VNACCS (TEA) thì phải nhập đủ cả mã miễn thuế và số DMMT, số thứ tự dòng hàng trong DMMT đã đăng ký trên VNACCS.

- Trường hợp hàng hóa thuộc đối tượng miễn thuế Nhập khẩu thuộc diện phải đăng ký DMMT nhưng đăng ký thủ công ngoài VNACCS thì phải nhập mã miễn thuế và ghi số DMMT vào phần ghi chú.

- Việc xác định hàng hóa, thuế suất giá trị gia tăng không căn cứ vào Bảng mã thuế suất thuế giá trị gia tăng; mà phải thực hiện theo các văn bản quy định, hướng dẫn liên quan.- Chỉ sau khi đã xác định được hàng hóa, thuế suất cụ thể theo các văn bản quy định, hướng dẫn liên quan mới áp mã dùng trong VNACCS theo Bảng mã thuế suất thuế giá trị gia tăng.

- Nhập mã thuế suất thuế giá trị gia tăng vào chỉ tiêu tương ứng trên màn hình đăng ký khai báo nhập khẩu (IDA).

Hệ thống tự động từ chối cấp số tờ khai và báo lỗi cho phía người khai lý do từ chối tiếp nhận khai báo. Tuy nhiên, nếu hàng nhập khẩu phục vụ trực tiếp an ninh, quốc phòng, phòng chống thiên tai, dịch bệnh, cứu trợ khẩn cấp, hàng viện trợ nhân đạo, viện trợ không hoàn lại thì hệ thống vẫn chấp nhận đăng ký tờ khai dù doanh nghiệp thuộc danh sách nêu trên.

Aố vận đơn hoặc số hóa đơn đã đăng ký trong chứng từ bảo lãnh phải khớp với số vận đơn/số hóa đơn người khai khai báo trên màn hình nhập liệu.

Nếu đăng ký bảo lãnh riêng sau khi hệ thống cấp số tờ khai thì số tờ khai đã đăng ký trong chứng từ bảo lãnh phải khớp với số tờ khai hệ thống đã cấp.

Hệ thống sẽ tự động xuất ra các chứng từ ghi số thuế phải thu tương ứng với từng thời hạn nộp thuế. Trường hợp người khai làm thủ tục nhập khẩu nhiều mặt hàng nhưng các mặt hàng có thời hạn nộp thuế khác nhau, người khai sẽ phải khai trên các tờ khai khác nhau tương ứng với từng thời hạn nộp thuế (ví dụ: người khai làm thủ tục nhập khẩu mặt hàng gỗ và dầu thô thì phải khai trên 02 tờ khai khác nhau tương ứng với từng thời hạn nộp thuế: mặt hàng gỗ có thời hạn nộp thuế nhập khẩu là 30 ngày; mặt hàng dầu thô có thời hạn nộp thuế nhập khẩu là 35 ngày).